Si cercano bioinformatici!! (oppotunità al DIBIT)

Ultimamente mi girano sotto gli occhi tante opportunità di lavoro, ma per lo più sono per posizioni high level.

Questa mi pare particolarmente appetibile, essendo -per pigri – qui in Italia, presso il dibit. Naturalmente ve la lascio in inglese, e vi segnalo solo il telefono, non la mail per evitare eventuali spider collettori spam. Comunque un bravo bioinformatico può facilmente desumerla

We look for a motivated and enthusiastic person with experience in bioinformatics to work within the bioinformatics group of the Val Borbera project, a large collaborative study of a genetically isolated population aimed at the identification of genetic risk factors for common disorders.
We are collecting phenotypic data from medical examinations and laboratory analysis, as well as genetic and genealogical data. We look for a person with a bioinformatics background to work at the development of the informatics tools for the analysis of clinical, genealogical and genetic data.
The salary will be based on the experience. For information contact
Daniela Toniolo, PhD
Genetics of Common Disorders
DIBIT, San Raffaele Scientific Institute
via Olgettina 58, 4-A2
I-20132 Milano, Italy
tel +39-02-26434764/4721

E’ previsto pure un salario!!!

Presentazione per Galaxy (nuova piattaforma per analizzare dati genomici)

L’integrazione è sempre più facile da realizzare. Ecco uploadata una presentazione powerpoint di questo nuovo tool, di cui parlo su Inside Bioinfo. Un click ed ecco per i più pigri una favolosa presentazione offerta dal bioamico Matteo Cesaroni!

Many thanks!!

altra interessante opportunità

The UNIBASEL-DKBV (Departement Klinisch-Biologische Wissenschaften Universitat Basel)                          are looking to recruit

A RESEARCH TECHNICIAN IN MOLECULAR BIOLOGY
(100% – permanent; starting November 1, 2007 or as agreed)

The successful applicant must have been trained as a research technician or hold an equivalent degree (but not a PhD). She/he will be highly motivated and ideally have expertise in molecular and cell biology techniques including DNA/RNA and cell biochemistry (cell transfection and/or protein expression analysis) and possibly knowledge of microscopy. Good knowledge of the English language is required.

The host group studies the cell-cell signalling processes controlling vertebrate embryonic development using mouse molecular genetics (advanced knockout and transgenic strategies) in combination with cell biochemistry, embryo and organ rudiment cultures. The successful candidate will join an international team at the DKBW Centre for Biomedicine. In addition to active participation in research projects, the position will also include lab management and support functions.
The University of Basel offers competitive salaries and an attractive research environment and the city of Basel provides an attractive cultural setting with a high standard of living and easy access to neighbouring Germany, France, Italy and the rest of Europe.

For additional information, please check the following website:
http://cbm.unibas.ch/frontpage/research-groups/group-zeller/

Complete applications should include a CV, copies of all relevant diplomas and degrees, summary of training, research and technology expertise and names and addresses of 2-3 referees. Please send your application as soon as possible by e-mail to: Rolf.Zeller@unibas.ch
Or
Prof. Rolf Zeller, Developmental Genetics, DKBW Centre for Biomedicine, Mattenstrasse 28, CH-4058 Basel / SWITZERLAND

bio::blog #14 è uscito

Come al solito anche questo numero di bio::blog è pregno di interessanti link. Navigateli!

Mi lascia sorridente un articolo di Sandra Porter , linkato alla fine, che discute di quanto sia importante anche per un biologo imparare a programmare. A dimostrazione che le idee navigano da una regione all’altra, da una mente all’altra (sarà telepatia) vi rimando per il mio punto di vista al blog che avevo scritto all’inizio di luglio su Inside Bioinfo.

proposta di PHD (a Milano)

La Fondazione Humanitas per la Ricerca mette a disposizione una borsa di studio triennale presso il Laboratorio di Immunologia e Infiammazione dell’ Istituto Clinico Humanitas di Rozzano (MI), con la possibilità di accedere ad un Dottorato di Ricerca, per lo svolgimento di un progetto di ricerca sulla regolazione del profilo trascrizionale di cellule mieloidi, con particolare riferimento allo studio dei promotori di geni coinvolti nell’ immunità innata. La posizione è destinata a un laureato in biotecnologie o facoltà affini con precedente esperienza in biologia molecolare e cellulare ed interesse nell’utilizzo di metodologie di analisi bioinformatica.

 

Per informazioni contattare:

Prof. Massimo Locati (massimo.locati@humanitas.it)

Dott. Marco Fabbri (marco.fabbri@humanitas.it)

Istituto Clinico Humanitas

Laboratory of Immunology and Inflammation

Via Manzoni, 56 – 20089 Rozzano (MI)

un link per CORDIS

Una breve nota solo per far conoscere un servizio di informazioni scientifiche che non conoscevo.

CORDIS è un sito che da un servizio comunitario di informazione in materia di ricerca e sviluppo. Quindi non tratta solo la nostra amata bioinformatica, ma ha un approccio più ampio.

Tra le varie sezioni c’è il notiziario che trovo ben fatto. Gli articoli proposti non toccano solo e prettamente argomenti riguardanti risultati scientifici (“una nuova molecola è stata identificata, e bla bla bla”), ma anche convegni, finanziamenti, politiche comunitarie.

Vi segnalo un articolo esemplificatore: ricoprimi di soldi! 

Io un click su delicious l’ho sprecato.

“ragazzi, intraprendete la carriera scientifica”. Come dire bene e ruzzolare male

qui trovate l’articolo che vado a commentare.

Nell’articolo si parta di un intervento di Paolo Ajmone Marsan dell’istituto di zootecnia (Professore associato nel Settore Scientifico Disciplinare AGR17 Zootecnica Generale e Miglioramento Genetico, docente di corsi di miglioramento genetico, biologia molecolare, genetica molecolare, diagnostica molecolare e biotecnologie animali.) Egli ci racconta dell’importanza della bioinformatica, di come sia la scienza del futuro, e sprona gli ascoltatori a intraprendere una carriera scientifica.

Vi copioincollo una parte dell’intervento che mi fa sorridere:

Ajmone si è soffermato più volte sul ruolo della bioinformatica («una delle scienze del futuro», l’ha definita), incoraggiando i ragazzi a intraprendere una carriera scientifica. Ha parlato poi dell’importanza della figura dello scienziato per lo sviluppo del Paese. «L’Italia ha grande bisogno di tecnici e di persone con preparazione scientifica – ha detto il ricercatore membro del consiglio di biotecnologie molecolari – . Purtroppo il mestiere dello scienziato qua in Italia gode di scarso appeal»

Ora, le motivazioni per cui un laureato di belle speranze, magari con un master debba decidere per una carriera scientifica sono a dir poco faraginose. Conosciamo tutti come venga vista la ricerca di base in questo paese, conosciamo le retribuzioni. Se un ragazzo fa questa scelta è perchè non sa bene a cosa va incontro, e ha un’idea idilliaca della ricerca, magari inculcatagli quand’era ancora pupo.

Personalmente, parlando da persona in procinto di lasciar la ricerca e di adoperarmi per avere uno stipendio più consono ai miei 35 anni, leggere questi articoli mi rende un po’ rancoroso. Specie nel momento in cui con google trovo subito un riferimento ai collaboratori del suddetto oratore, egli ha un gruppo di ricerca formato da :

Riccardo Negrini: assegnista di ricerca

Elisabetta Milanesi: assegnista di ricerca e dottoranda

Jamila Bernardi: dottoranda

Fatima Chegdani: ricercatrice a contratto

Ora mi chiedo, qualcuno che ha questo genere di contratti tra i propri collaboratori, ha i titoli per consigliare ai giovani di pensare alla scienza come propria carriera futura? Potrebbe anche essere un futuro, ma una carriera???!!

i farmaci sperimentali al computer (commento ad un articolo pressapochista)

Stavo leggendo l’articolo de “la republica” che trovate qui . E come capita spesso mi sono ritrovato a pensare come la comunicazione scientifica sia un’arte molto complessa, poco compresa, malamente praticata.

In effetti è molto difficile calibrare un articolo di divulgazione che non sia eccessivamente tecnico, che non contenga tecno-strafalcioni (come certi giornalisti de La repubblica ci hanno abbituato), e che al contempo non risulti vuoto o, peggio, fuorviante.

Ebbene questo articolo ricade nella categoria degli scritti un po’ troppo ottimisti. E un po’ strafalcione. Vi riporto qui sotto qualche frase tipo:

In silico research: questo recentissimo neologismo scientifico anglolatino indica la simulazione dei processi biologici e delle reazioni chimiche tra molecole e organismi, esclusivamente al computer, attraverso sofisticatissimi software di bioinformatica.

Recentissimo? E sopratutto Neologismo? Dalla definizione direi che dovrebbe trattarsi più correttamente di System biology, o in silico biology.

Un approccio di ricerca all’avanguardia che riduce le lunghe e costose prove di laboratorio in provetta. O i penosi esperimenti sugli animali.

Ecco un esempio di quanto dicevo prima. Il supporto alla ricerca fatta via modelli computazionali è ben lontano dal ridurre le prove di laboratorio (a meno che non si parli delle library di molecole che spesso vengono usate nella farmaceutica per scremare tutti quei composti che non hanno possibilità di risultare di interesse). I modelli in silico di solito sostengono e guidano esperimenti in wet, li validano al più, non possono sostituirli.

…lo ritengono le Fondazioni Cariplo e Caritro che hanno destinato un contributo di 1,2 milioni di euro al progetto Nobel/Bioinformatica.

Interessante il fatto che anche verso queste tipologie di investimenti vadano anche Fondazioni come la Cariplo. Per esperienza personale quando questa si muove e investe tanti soldi, essi poi si perdono in infiniti rivoli…

ha dato vita lo scorso anno a sei piattaforme tecnologiche, vasti database bionformatici di genetica, genomica e modelli animali, attivando sette network scientifici a Milano con una rete di 28 partner.

Fare qualche riferimento no? Articoli web potrebbero anche riportare interessanti link a questi vasti database…

Allo studio è un linguaggio informatico in grado di codificare le interazioni delle molecole all’interno delle cellule (proteine, enzimi) per rappresentarle graficamente al computer.

??? Se Intende ciò che dice stanno andando nella stessa direzione intrapresa in UK 5 anni fa al Wellcome Trust for cell biology. E li sono già avanti mille miglia…

Lo staff di ricerca, composto da un gruppo di informatici under 40, in due anni di attività ha portato avanti 25 progetti diversi di biosimulatori. Tra questi il Beta workbench, un sistema informatico per simulare e modellare sistemi biologici ed un nuovo algoritmo per rappresentare la velocità di reazione intracellulare.

Mahh!